In der 1. Hälfte des 13.Jh errichtete man die Burg Saxenegg, um die Rodung des Waldgebietes voranzutreiben.

1297 saßen Ulrich und Wernhart die Sechseneker auf der Feste.

1342 ging die Wehranlage als Lehen an Burghart den Kneusser, der sie ausbaute und eine Burgkapelle mit einer Messestiftung errichtete.

1382 verkaufte sein Sohn Hans die Burg mit aller Zugehörung an den Landesfürsten Herzog Albrecht III. Dieser blieb aber den Kaufpreis schuldig, sodass Hans dem Kneusser die Burg weiterhin als Leibgeding (bis zum Tod) verblieb. Sein Burggraf, Rudolf der Harsch, musste dem Herzog geloben, ihm „mit der Feste jederzeit gewärtig zu sein“. Nach dem Ableben des Kneussers fiel Saxenegg als Pfandobjekt an den Landesfürsten zurück.

 1410 kam die Burg pfandweise an die Brüder Erhard und Wilhelm von Zelking. Die Zelkinger, ein kunstsinniges landesfürstliches Ministerialengeschlecht.(Stifter des berühmten Kefermarkter Flügel-Altars) besaßen neben Saxenegg und ihrem Stammsitz Zelking, (unweit von Melk), auch das Schloss Weinberg in Kefermarkt.

 1432 wurde auch Saxenegg von den Hussiten belagert und zerstört.

1438 gestattete König Albrecht den Abbruch der „vest Sechsenekg“.

1473 übertrug Christoph von Zelking die Messestiftung von der ehemaligen Burgkapelle auf die Kirche in Kefermarkt. Somit war die Veste nach etwa 200 Jahren schon abgekommen.

1493 erwarben die Brüder Sigmund und Heinrich Prüschenk (Erbauer der Greinburg), die Ruinenreste mit der dazugehörigen Herrschaft.

1525 gelangte Saxenegg in den Besitz der Prager und wurde ihrer Herrschaft Windhaag einverleibt. Nach Aufhebung des Klosters Windhaag durch Josef II. ging der Besitz  1792 an das Linzer Domkapitel.