Bavor II. ze Strakonic pravděpodobně potřeboval sídlo pro správu svých zdejších pozemků, a proto nechal roku 1270 založit tento hrad. Jeho manželka Anežka, nemanželská dcera českého krále Přemysla Otakara II., dostala věnem toto území. Jeho syn Bavor III. ho ale už roku 1315 vyměnil s bratry Přibíkem, Vernerem a Rackem za hrad Vitějovice u Prachatic. Od této chvíle se noví majitelé nazývali podle nabytého hradu. Za významného člena rodu je považován Markvart I. z Pořešína, hofmistr císařovny Elišky Pomořanské v letech 1358 - 1406. Po smrti posledního pána z Pořešína přešel hrad do majetku Jana a Hroška z Maršovic. Na konci 14. století vzniká v hradním areálu s původně jedním předhradím v průběhu přestaveb druhé předhradí.

V době neklidných husitských válek mělo hrad v držení několik neznámých majitelů, než se jako dědictví dostal do majetku císaře Zikmunda Lucemburského, který ho daroval Oldřichu II. z Rožmberka. Oldřich II. známý svou padělatelskou dílnou nechal rodinný archiv pánů z Pořešína zlikvidovat. Kolem roku 1433 dal ze strachu před husitským nebezpečím podnět ke stržení opevnění. Hrad už nebyl nikdy obnoven.

V roce 2012 bylo na hradě Pořešín otevřeno Hradní muzeum, které je v rámci muzeí na českých hradních zříceninách unikátem. Návštěvník muzea se může seznámit s vývojem hradu a jeho historií, uvidí zde ukázky předmětů denní potřeby, kuchyňského a stolního nádobí, nožů, pomůcek pro šití, železných a kostěných nástrojů, včetně součástí jezdeckých postrojů nebo stavebního nářadí. Součástí expozice je i výstava militárií z období života hradu, osobní zbroje, část tesáku nebo soubor kulí do palných zbraní. Část expozice je věnována středověké numismatice s ukázkami rozličných mincovních ražeb v rozmezí let 1280 - 1387. Unikátem je tzv. „Pořešínský groš“ z doby vlády krále Václava IV., nalezený během archeologického výzkumu hradního paláce v roce 2009.  Návštěvníka jistě zaujme i část věnovaná středověkému odívání a šperkům.   Součástí provozu Hradního muzea je i pestrý kulturní program včetně letních večerních koncertů a divadelních představení.